تضم العمادة ثلاثة وكالات وهي:

•   أولا: وكالة عمادة الدراسات العليا لشؤون الدراسات العليا وتضم وحدتين:
1. وحدة القبول.
2. وحدة الشؤون التعليمية.


• ثانيا: وكالة عمادة الدراسات العليا لشؤون الابتعاث والتعاون الدولي وتضم ثلاث وحدات:
1. وحدة الابتعاث.
2. وحدة الاشراف المشترك.
3. وحدة العلاقات الثقافية والتعاون الدولي.


•   ثالثا: وكالة عمادة الدراسات العليا بشطر الطالبات وتضم ثلاث وحدات:
1. وحدة التطوير والجودة.
2. وحدة البرامج الأكاديمية.
3. وحدة شؤون الطالبات.